プレビューで表示されているページに対し、マウスボタンは以下のような機能があります。
1. 左ボタンのクリックは、HypetTeXのジャンプを意味します。
CTRLキーを押しながらのクリックでは、ジャンプの前にジャンプ先を表示し、ジャンプするかどうか選択できます。
2. 手の形のマウスカーソルのとき、HyperTeXのホットスポットでない場所では、マウスの左ボタンを押したままマウスを動かすことで、紙面を押さえたままずらすスクロールができます。
3. SHIFTキーを押しながら、マウスの左ボタンをクリックすると、マウスカーソルの位置の文字列が取得できます。source specialsが設定されていれば、TeXのソースファイルへのジャンプが可能です。
4. CTRLキーとSHIFTキーを押しながら、マウスの左ボタンをクリックすると、クリックした位置と文字、それのDVIファイルにおける位置などの情報が表示されます。
5. マウスの右ボタンを押すと、Loupe機能が動作します。さらにCTRLキーを押しながらの場合は、別のLoupeが動作します。押しながらマウスを移動すると、Loupeも移動します。
6. 矢印のマウスカーソルのとき、マウスの左ボタンのダブルクリックで、source specials によるTeXのソースファイルへのジャンプができます。
7. IntelliMouseでは、中央のホイールを回すと上下スクロールし、押しながら（あるいは、SHIFTキーを押しながら）回すと、ページを移動する。押しながら回すとき、マウスの左ボタンも押していると、前ページの最後、あるいは次のページの最初に移動する。
押しながら回すとき、SHFTキーを押していると5ページ飛び、CTRLキーを押していると10ページ飛びに移動する。
また、CTRLキーを押したままホイールを押さずに回すと、画面の拡大／縮小が行われる。
さらに、IntelliMouse Explorerの側面のボタンには、Backward History, Forward Historyの機能を持たせてある。
8. 4ページまたは16ページ同時縮小表示モード(Display->View->cross pages, 16 pages)において、マウスの右ボタンをクリックすると、ポイントされたページの通常表示に移行します。
8. プレゼンテーション・モードで cover sheet を使っているときは、cover sheet をマウスで動かすことができます。なお、プレゼンテーション・モードでは、3, 4などの操作は別の機能になります（cf. プレゼンテーションでのキー）。
9. source specialsが設定されている場合、CTRLキーとマウスの左ボタンを押しながらマウスの右ボタンをクリックすると、TeXのソースファイルへのジャンプができます。
10. 領域設定（Display -> Region）では、SHIFT + マウスの左、または右のボタンのクリックで頂点をポイントして、矩形を指定します。