Property Sheetでパラメータを変更し、それを次回の起動時にも有効にするには、そのSheetで [Save] を押してRegistryにセーブします。
このパラメータを起動時に読み込まないように変更していなければ、これでOKですが、そうでなければ、[REGISTRY]のSheetで、起動時に読み込むように設定を戻す必要があります（[REGISTRY]のSheetの左のリストボックスで選んで、[Auto Load]を押して追加し、さらに[REGISTRY]での[Save]を押して、実際に設定します）。
[REGISTRY]のSheetの左側のリストボックスで、+ がついているパラメータのみ起動時に読み込まれます。
上部のボタンなど（[REGISTRY]での[All Set]は、すべてのパラメータに + をつける）を使って[Save]を押すと、起動時に読み込まれるパラメータの種類が変更できます。すべてを起動時に読み込むように設定しても、Registryに設定値がSaveされていないパラメータは無視されますので、問題ありません。
[REGISTRY]での[Restore]を押すことにより、現在の状況を知ることができます。